Estratégias para o seqüenciamento do genoma
humano:
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Estratégia Clone-by-clone (consórcio
publico):
Generação de marcadores nos cromossomos
humanos:
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RHM (radiation hybrid mapping).
-
RFLP (restriction fragment length polymorphisms).
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VNTR (variable number tandem repeats)/minisatélites.
Altamente polimórficas, aparecem geralmente
nas extremidades dos cromossomos.
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STS (sequence tagged sites)/PCR-based. Sensível,
mas não é útil em análise
de ligação genética.
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Microsatélites/STS, polimórficos,
repeticões de 2-4 pb.
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ESTs (expressed sequence tags).
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Estratégia de Shotgun (Celera).
Mapeamento Com Marcadores Moleculares
A
estratégia de mapeamento é feita usando
grandes insertos em bactérias ou leveduras.
Os Clones são selecionados usando marcadores
de DNA conhecidos no cromossomo. |
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Os Clones são organizados por seu conteúdo
de DNA e os "gaps" são preenchidos por
"walking"
Mapeamento do Gene:
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MET-ATCCCGATCCG-D7S8 |
Caminhando e saltando no DNA:
Baseado
em software de predição e identificação
de seqüências associadas a start/stop códons
as regiões codificantes são localizados
As similaridades de seqüências
são procuradas em Bancos de Dados
Os membros de uma família de gene
são procurados em Bancos de Dados
Ferramentas de anotação
e fluxo de dados
Finalização da seqüência:
Seqüência de cDNA 
seqüência de aminoácidos
função da proteína
...TCCAAAGATATAGCAATTTT
GGATGACCTTCTGCCTCTTAC
CATATTTGACTTCATCCAGTT
GTTATTAATTGTGATTGGAGC
TATAGCA...
...rLysAspIleAlaIleLeuAspAspLeu
LeuProLeuThrIlePheAspPheIleGln
LeuLeuLeuIleValIleGlyAlaIleAla... |
Gene
Proteína
Função
Giselda
MK Cabello, MSc.
Responsável pelo Projeto Fibrose Cística
Laboratório de Genética Humana
Departamento de Genética/IOC/FIOCRUZ
gkalil@ioc.fiocruz.br
